En deuxième et troisième année il est possible de faire de l'alternance,les étudiants-alternants partagent leur temps entre semaines en entreprise et semaines de cours, deux temps de formation qui s’enrichissent mutuellement. La période de travail en entreprise permet de mettre en application les acquis théoriques, de les tester « grandeur nature ». Le temps d’enseignement académique est conçu pour approfondir la théorie et comprendre des modèles. Il permet aux alternants d’ajuster ou d’adapter leurs pratiques professionnelles.
Le rythme d'alternance en MMI est de 1 mois en entreprise 1 mois en cours.
En deuxième et troisième année, un stage est obligatoire pour valider son année.
Le stage dure entre 22 et 26 semaines, réparti entre la 2ème année et la 3ème année.
En dehors de ces périodes, les étudiants ont cours à plein temps (pas d'alternance).